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本校農業生物科技相關領域研發成果素執國內牛耳，研究團隊屢獲教育部產學合作獎、國科會傑出研究和技術授權獎，是國內該領域近年表現最傑出者。此以，本校其它多項研究領域也有傑出成果。本校歷年獲國科會傑出研究獎60人次，特約研究員12人，名列全國第五；本校也獲得三項教育部農業生物科技領域卓越計畫，領先全國；產學合作方面，本校創新育成中心連續五年（91-95年）獲經濟部評選為最佳績優單位，並獲評亞洲十大傑出育成中心。技術授權中心榮獲國科會93、95、96及97年全國績優技術授權中心。
本校的特色優勢為：
- 農業生物科技研究領先全國
本校在農學領域評鑑全國第一，是國內唯一在農業生物科技領域獲得三個卓越計畫的大學，顯示該領域的表現已受國內外肯定，居領先地位。本校多年來在微生物結構基因體、動植物及微生物基因功能研究與應用、生物製劑、食品生技、生物催化與生物能源以及仿生奈米科技等領域都有相當豐碩的研究成果。研究團隊屢獲國內外重要傑出研究獎項，成員並積極輔導國內產業進行技術轉移，與國際知名企業進行多項技術授權合作。此外，與國際一流大學及研究單位進行實質研究合作，實力居國內先導地位，具世界級水準。 同時亦獲得本計畫考評委員肯定，在農業方面具頂尖潛力。
- 永續發展科技研究表現卓越
在環境復育、防災科技、綠色工程等方面，本校防災協力機構/節能光源研發領先全國，有12人次榮獲國科會傑出研究獎，近年內獲百餘件專利，更將專利技轉國內廠商，成功將節能光源產品化，獲千萬元授權金，因此多次榮獲教育部產學合作和國科會技術授權獎，加上本校創新育成和技術授權中心的配合，已造就國內外首屈一指之特色研發領域。本校亦是唯一可就近支援中科廠商研發與人才培育的研究型綜合國立大學，其研發能量更能協助中台灣產業升級轉型與發展綠色及精密機械產業，成就世界級的科技研發。
為配合「發展國際一流大學及頂尖研究中心計畫」，本校特別整合七大學院傑出人才，95年度規劃最具競爭力的生物科技、仿生奈米暨先端產業精密製程及環境保育暨防災科技三個領域，參酌95年底教育部頂尖計畫考核委員會考評意見後，96年起聚焦於生物科技與永續發展科技兩個重點領域。此外，同年11月，本校與美國University of California at Davis簽訂合約，隨即展開密集之全方位合作，包含研究人員及學生交換、雙聯學制、大型雙邊合作計畫投入農業生物科技研究等，透過研究成果交流及共享，更可奠定本校於世界農業生技領先之地位。
在高等教育機構過度膨脹的今日，大學院校獲得國家經費補助逐年降低，為了追求卓越、邁向頂尖，本校師生無不珍惜此一得來不易的經費，戮力以赴，第一階段計畫執行，不論在制度面、學術研究、教學改進、國際化及產學合作上均有長足進步。於此期盼第二階段經費的挹注，在籌建已成的基礎上，繼續往前邁進，將亮麗的成果展現於國人面前，促使本校兩個特色研究領域在未來五～十年內達到亞洲頂尖、世界一流的目標。 | 
