研發替代役分3階段授薪，第1階段：為入營受訓期間4週(28天)，期間比照二等兵薪俸，每月5,890元；第2階段：自分發用人單位至服滿替代役體位應服役期之日止，依碩、博士學歷，比照義務役士官（薪俸10,660＋主副食費3,815＋住宿津貼4,000＋交通津貼1,260＝NT$19,735）、軍官（薪俸15,570＋主副食費3,815＋住宿津貼4,000＋交通津貼1,260＝NT$24,645）薪俸給付薪資；第3階段：自服滿替代役體位應服役期之日起，領取該用人單位相對職務水準薪資給付。其中第2階段待遇與一般役男拉近，對役男可能誘因較小，但較符合兵役公平。惟當役期或義務役薪資遇有調整時，上述津貼及應繳研究發展經費亦可能配合調整。

資料來源:內政部役政署(更新日期：2/18/2009 )